Pondok Pesantren Al-Hidayah Kaduaja didirikan pada tanggal 03 Mei 2018 dan resmi beroperasi dengan keluarnya Surat Keputusan Kepala Kantor Kementerian Agama Kabupaten Tana Toraja Nomor 113 tahun 2018 yang ditanda tangani oleh Bapak H. Muhammad, M.Ag. pada tanggal 24 Mei 2018. Ponpes Al-Hidayah Kaduaja merupakan Ponpes yang bernaung di bawah Yayasan Al-Hidayah Kaduaja. Semula MIS Kaduaja salah satu lembaga yang dibawah naungan Yayasan AL-Hidayah Kaduaja disamping beberapa lembaga yang lain yakni RA Al Ikhwan, MTs., dan MA Kaduaja, ingin diusulkan oleh Pihak Yayasan untuk untuk dinegerikan, namun setelah dengan beberapa pertimbangan, akhirnya semua lembaga yang bernaung di bawah Yayasan Al-Hidayah Kaduaja diusulkan ke Kementerian Agama Kab. Tana Toraja untuk menjadi Pondok Pesantren Al-Hidayah Kaduaja

Pengembangan beberapa lembaga, RA, MIS, MTs., MA Kaduaja bernaung di bawah Pondok Pesantern sejalan dengan keinginan dari dari Pendiri Yayasan, Kidjang, S.Pd.I. (almarhum). Keinginan ini karena melihat kondisi masyarakat yang sangat antusias menyerahkan anak-anak mereka untuk belajar ilmu-ilmu agama ke Madrasah yang dikelolah oleh yayasan dan bahkan sudah banyak siswa yang tempat tinggalnya jauh dari Kaduaja menetap di rumah Kidjang, S.Pd.I. (almarhum). Begitupun halnya dengan melihat kondisi kesehatan Bapak Kidjang, S.Pd.I. kondisi fisik sudah lemah yang memotivasi anak-anaknya untuk berpikir dan siap melanjutkan dan mengembangkan Lembaga yang telah dirintis oleh beliau sejak tahun 1973.
Sebagai generasi pelanjut dari Bapak Kidjang, menyadari bahwa untuk melanjutkan dan mengelolah pondok pesantren menjadi berkualitas bukan pekerjaan mudah. Membangun reputasi Ponpes bukan merupakan proses instan, diperlukan perjalanan yang panjang dan berliku serta hambatan dan rintangan silih berganti, baik dari segi anggaran maupun SDM.

Proses pengembangan Pondok Pesantren Al-Hidayah Kaduaja benar-benar dimulai dari nol. Anggaran tidak ada, donatur tidak punya, fasilitas belajar apa adanya, rumah dijadikan asrama. Namun demikian, dari segala keterbatasan yang dimiliki tersebut memotivasi para Pembina, ustad/ustadzah berusaha untuk berbuat sesuai dengan kemampuan yang ada, dengan harapan bahwa Ponpes Al-Hidayah di masa yang akan datang bisa dirasakan manfaatnya oleh segenap Warga Ponpes dan Masyarakat, terkhusus Masyarakat Tana Toraja.
Sebagai tahapan awal dalam pengembangan Ponpes Al-Hidayah Kaduaja, ada lima hal dalam pengelolaan lembaga, antara lain:

1. Mendesain Ponpes dengan tujuan jelas dan spesifik
2. Menjadikan santri berakhlak mulia sampai saat menjadi alumni
3. Membentuk mental santri yang pantang menyerah tekun dalam belajar maupun bekerja
4. Menanamkan semangat mencari ilmu
5. Memaksimalkan prestasi akademik santri